Doktorské studium představuje nejvyšší stupeň vysokoškolského studia. Charakterizuje jej individualizovaná forma studia a samostatná vědecko-výzkumná činnost doktoranda.

Probíhá výhradně jako jednooborové, podle individuálního studijního plánu pod vedením školitele. Standardní doba studia ve všech doktorských studijních programech ESF je 4 roky.

Všechny doktorské studijní programy ESF je možné studovat v češtině i angličtině, program Finance také v němčině. Studium je pro studenty bezplatné.

Studium se ukončuje státní doktorskou zkouškou a obhajobou disertační práce. Po úspěšném ukončení studia získávají absolventi titul Ph.D. (philosophiæ doctor) uváděný za jménem.

Doktorské studium se na ESF MU ve všech programech uskutečňuje v prezenční i kombinované formě.

Studenti prezenční formy studia mají vedle studijních a vědecko-výzkumných povinností ještě povinnosti další, mezi něž patří podíl na přednáškách, organizaci konferencí, na vzdělávacích aktivitách pracoviště apod. Všechny povinnosti jsou rozloženy v rámci jednotlivých pracovních dnů podle studentem vytvořeného rozvrhu.

Studenti prezenční formy studia pobírají ve standardní době studia měsíční stipendium na podporu studia v DSP.

Kombinovanou formu studia častěji volí ti uchazeči, kteří mají ještě další povinnosti (např. zaměstnání či rodinu), jež jim neumožňují denní přítomnost na ESF MU. Z tohoto důvodu není jejich podíl na přednáškách, organizaci konferencí, na vzdělávacích a jiných aktivitách pracoviště povinný.