Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Ekonomicko-správní fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

TUBIANA L. JURÁSEK Miroslav COLUZZA I.

Rok publikování 2018
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
Doi http://dx.doi.org/10.1140/epje/i2018-11694-7
Klíčová slova INTRINSICALLY UNSTRUCTURED PROTEINS; MONTE-CARLO SIMULATIONS; COARSE-GRAINED MODELS; MOLECULAR-DYNAMICS; SYSTEMS; ALGORITHM
Přiložené soubory
Popis In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.