Evolution of genome size in Carex (Cyperaceae) in relation to chromosome number and genomic base composition
| Název česky | Evoluce velikosti genomu v rodu Carex (Cyperaceae) ve vztahu k počtu chromosomů a genomickému poměru bází |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2013 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Annals of Botany |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| www | http://aob.oxfordjournals.org/content/111/1/79.full.pdf+html |
| Doi | http://dx.doi.org/10.1093/aob/mcs239 |
| Obor | Botanika |
| Klíčová slova | Agmatoploidy; AT/GC ratio; chromosomal fusion and fission; chromosome numbers; DNA content; flow cytometry; GC content; karyotype; phylogeny; polyploidy; symploidy |
| Popis | Rod Carex vykazuje karyologické zvláštnosti související s holocentrickou povahou jeho chromosomů, především široký kontinuální rozsah počtu chromozomů v rámci rodu. Vliv těchto zvláštností na evoluci genomu (velikost genomu, AT/GC složení) není znám. Zatímco u druhů s monocentrickými chromosomy se detekce polyploie opírá o aritmetický vztah mezi počty chromosomů příbuzných druhů, u druhů s holocentrickými chromosomy, kde chromozomální štěpení nebo fúze jsou časté, musí se detekce polyploidie opírat i o měření jaderného obsahu DNA. K tomuto měření a ke stanovení genomického poměru bází jsme v naší studii využili průtokovou cytometrii, kombinované s daty o počtech chromosomů. Všechny vztahy mezi sledovanými parametry byly testovány fylogeneticky. Velikost genomu 1C se pohybovala mezi 0,24 a 1,64 pg (mezi Carex secalina a C. cuspidata). Genomický GC obsah se sahal od 34,8% do 40,6% (od C. secalina po C. firma). Oba tyto genomické parametry byly pozitivně korelovány. Sedm polyploidních a dva potenciálně polyploidní taxony byly zjištěny v kladu Carex. Silná negativní korelace mezi velikostí genomu a počtem chromosomů byl detekována u nepolyploidních taxonů. Nepolyploidní taxony kladu Carex mají větší velikost genomu taxony kladu Vignea. Tři dvoudomé taxony mají výrazně větší genomy, větší chromozomy, a vyšší GC obsah než jejich příbuzné hermafroditní taxony. Genomy ostřic jsou poměrně malé a velmi GC-chudé ve srovnání s jinými krytosemennými rostlinami. Vývoj genomu a karyotypu v ostřic probíhá pod vlivem četných chromozomálních štěpení/fúzí, vzácné polyploidie a časté opakující se proliferace/úbytku repetitivní DNA. |
| Související projekty: |